Untuk menjadi sebuah Gudang Berikat, sebuah perusahaan harus menyiapkan permohonan dalam bentuk softcopy dan hardcopy yang dikirimkan kepada Direktur Jenderal melalui Kepala Kantor Pabean. Setiap jenis izin, baik itu Penetapan Gudang Berikat, Penyelenggara Gudang Berikat, Pengusaha Gudang Berikat (PGB), atau Perusahaan Dagang Gudang Berikat (PDGB), memerlukan serangkaian dokumen yang berbeda-beda namun kerangka dasarnya seragam. Dokumen-dokumen tersebut diantaranya meliputi surat izin tempat usaha, Izin Mendirikan Bangunan (IMB), bukti kepemilikan atau penguasaan tempat usaha, serta dokumen-dokumen lain sesuai ketentuan yang berlaku.

Dokumen tambahan juga diperlukan khusus untuk Pengusaha Gudang Berikat dan PDGB, termasuk fotokopi surat izin usaha perdagangan dan industri, Kartu Angka Pengenal Impor (API), serta Surat Pernyataan yang menyatakan jenis barang impor yang akan ditimbun di dalam Gudang Berikat. Serta tidak ketinggalan, kontrak kerjasama dengan perusahaan tujuan distribusi barang, yang mencakup izin usaha industri atau izin Kawasan Berikat bagi Gudang Berikat yang mendukung kegiatan industri relevan. Kesesuaian sistem informasi persediaan berbasis IT yang dimiliki perusahaan juga menjadi faktor penentu dalam permohonan ini.

Setiap perusahaan yang berminat untuk mendirikan Gudang Berikat harus memastikan seluruh dokumen dan persyaratan telah lengkap dan sesuai dengan regulasi yang dibuat oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai. Ini termasuk penyetujuan atas akta pendirian