Untuk mendapatkan penetapan sebagai Gudang Berikat dan izin sebagai Penyelenggara Gudang Berikat (PDGB), perusahaan diwajibkan untuk mengajukan permohonan secara tertulis dalam dua format, yaitu softcopy dan hardcopy. Permohonan tersebut harus dikirim langsung kepada Direktur Jenderal melalui Kepala Kantor Pabean yang bertanggung jawab dalam pengawasan. Proses ini merupakan langkah awal bagi perusahaan yang ingin mendapatkan status serta izin operasional sebagai penyelenggara fasilitas Gudang Berikat.

Dokumen dan lampiran yang harus dilengkapi dalam permohonan ini bervariasi tergantung pada jenis izin yang diajukan, yaitu Penetapan Gudang Berikat, Penyelenggara Gudang Berikat, Pengusaha Gudang Berikat atau PDGB. Beberapa persyaratan yang umum diantaranya meliputi surat izin tempat usaha, Izin Mendirikan Bangunan (IMB), bukti kepemilikan atau penguasaan tempat usaha, dan Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP). Selain itu, dibutuhkan juga rincian lebih detail mengenai lokasi dan kondisi fisik gudang yang akan dijadikan sebagai Gudang Berikat, serta dokumen ekstra tergantung pada spesifikasi tertentu dari setiap jenis izin yang diajukan.

Khusus untuk Pengusaha Gudang Berikat dan PDGB, terdapat penambahan syarat dalam bentuk