Untuk mendapatkan penetapan sebagai Gudang-Berikat dan izin sebagai Penyelenggara Gudang Berikat, perusahaan harus mengikuti prosedur yang ketat dan teliti. Proses pengajuan ini melibatkan pengiriman permohonan secara tertulis kepada Direktur Jenderal Bea dan Cukai melalui Kepala Kantor Pabean yang berwenang. Permohonan ini harus mencakup dokumen-dokumen yang relevan, diserahkan baik dalam bentuk softcopy maupun hardcopy. Kesiapan dan kelengkapan dokumen menjadi kunci untuk mempercepat proses pengajuan, mengingat lampiran yang dipersyaratkan untuk penetapan Gudang-Berikat serta izin Penyelenggara, Pengusaha atau PDGB memiliki perbedaan tertentu, yang diatur dalam peraturan tentang Gudang Berikat.
Kelengkapan dokumen yang perlu disiapkan mencakup surat izin tempat usaha, Izin Mendirikan Bangunan (IMB), bukti kepemilikan atau penguasaan tempat usaha, peta lokasi, serta denah tempat yang akan diusahakan menjadi Gudang Berikat. Hal-hal seperti Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP), penetapan sebagai Pengusaha Kena Pajak (PKP), serta SPT Tahunan PPh Wajib Pajak Badan untuk tahun terakhir juga menjadi persyaratan penting. Selain itu, perjanjian sewa tempat (jika tempat usaha disewa) selama minimal 5 tahun untuk Penyelenggara Gudang Berikat dan 3 tahun untuk PGB serta PDGB harus disertakan, berikut dokumen pendukung lainnya yang disesuaikan dengan jenis izin yang diajukan.
Persyaratan khusus untuk Pengusaha Gudang Berikat dan PDGB meliputi fotokopi surat izin usaha perdagangan dan industri, Kartu Angka Pengenal Impor (API), serta surat pernyataan bermaterai mengenai jenis barang impor yang akan ditimbun. Dokumen tambahan seperti daftar tujuan distribusi barang, kontrak kerjasama dengan tujuan distribusi, dan izin kawasan untuk Gudang Berikat pendukung industri juga harus diperhatikan, termasuk paparan sistem informasi persediaan berbasis komputer yang dimiliki. Detil prosedur dan syarat lengkap bisa dilihat pada peraturan yang mengatur tentang Gudang Berikat, yang membantu proses permohonan Penyelenggara Gudang Berikat menjadi lebih mudah dan dapat dilalui dengan lancar.